Het nadeel van al die kleine brouwerijtjes is dat het energie, water en grondstoffen kost en afvalwater en afval en hinder geeft. Grote brouwerijen zijn in staat om efficiënt te brouwen en meer bier uit een kg mout of liter water te krijgen... Bij kleine brouwerijen zijn vaak geen warmtewisselaars (anders dan voor afkoelen van de wort) en milieuverbeterprogramma;s te vinden. Het warme water gaat zo het riool in, zonder al te veel hergebruik. En de bostel? Die gaat soms zo met het bedrijfsafval mee. Nee, microbrouwerijtjes zijn niet goed voor het milieu...
Goed ze werken soms biologisch e.d., en soms zelfs wekken ze hun eigen energie op, maar toch: over het algemeen betaald het milieu de prijs voor het bier.